A parte de poder separar la configuración de Home Assistant usando carpetas, se puede hacer usando paquetes(packages en Home Assistant)
Separando la configuración con paquetes se puede diferenciar por zonas/habitaciones y allí tener la configuración agrupada de los sensores, dispositivos, automatizaciones, etc..
Crear un paquete
Primero se debe crear una carpeta con nombre packages y allí meter los archivos de cada habitación, comedor.yaml, cocina.yaml, dormitorio.yaml.
Cada archivo contendrá sus sensores, automatizaciones etc..
Declarando los paquetes
En el archivo configuration.yaml se debe añadir
packages: !include_dir_named packages
Si los paquetes incluyen las automatizacones, escenas etc.. retirar su declaración en el configuration.yaml
Ejemplo práctico
En este Github(my-home-automation) se puede sacar alguna idea de como implementar el uso de packages en Home Assistant